Hej!
Jag hoppar in i din och AnnicaLs tråd så att du skall få svar. Gällande din första fråga så skall du inte ändra på fakturan eller kreditera den, precis som Annica säger. Det blir som att du skulle delbetala fakturan, så du betalar en del till företaget och en del till företagets skattekonto men fakturan i sig blir fullt betald. Du kan delbetala en faktura via Inköp - Leverantörsfakturor - Fliken Betalningar och knappen Ändra betalstatus (högt upp på menyraden) där du kan registrera dina två betalningar. Om det är både tjänster och varor så skall ni också betala och deklarera arbetsgivaravgifter på tjänsterna. Hur man gör det kan då kontakta Skatteverket för råd kring hanteringen.
Själva bokföringen av kostnaden blir på samma sätt som om ni hade köpt in varor och tjänster från företag med F-skatt så välj ett lämpligt konto för respektive tjänst och varukostnad.
Hur du skall hantera de fakturor som redan är reglerade och betalda behöver du kontrollera med en redovisningskonsult så att det blir rätt, men om du inte dragit av och redovisat skatt mm på dessa fakturor så låter det som att du kan ha betalt in för mycket till företaget än vad du borde.
Har du något mer råd kring hanteringen som du vill dela med dig av @AnnicaL ?
Ha det fint!
Josefine